Además de una estructura propia, Virtual Educa opera a través de una alianza de organismos internacionales, instituciones gubernamentales, agencias públicas y privadas. El organigrama de Virtual Educa es el siguiente:
1. Órganos de coordinación
Los órganos de coordinación de Virtual Educa son el Consejo Directivo y el Patronato.
2. Órganos de seguimiento
Los órganos de seguimiento de Virtual Educa son el Consejo Consultivo, la Comisión Permanente y la Comisión Científica.
3. Secretaría General
La Secretaría General es el órgano operativo de Virtual Educa. Está situada en Washington, D.C.
4. Sedes
Además de sedes propias, tal es el caso de la Fundación Virtual Educa USA, con una delegación en Puerto Rico, Colombia y Perú [Andina], Virtual Educa está representada por aquellas instituciones con las que hay firmado un memorándum de entendimiento a tal respecto.
5. Redes
Virtual Educa cuenta con una red propia de asociados, coordinando además las siguientes redes temáticas: a) Red de Responsables de proyectos de innovación educativa con uso TIC [coordinadores de Ministerios de Educación]; b) Red Universidad 2030; c) Red de apoyo institucional y corporativo.
