Además de una estructura propia, Virtual Educa opera a través de una alianza de organismos internacionales, instituciones gubernamentales, agencias públicas y privadas. El organigrama de Virtual Educa es el siguiente:
1. Órganos de coordinación
Los órganos de coordinación de Virtual Educa son el Consejo Directivo y el Patronato.
2. Órganos de seguimiento
Los órganos de seguimiento de Virtual Educa son el Consejo Consultivo, la Comisión Permanente y la Comisión Científica.
3. Secretaría General
La Secretaría General es el órgano operativo de Virtual Educa. Está situada en Washington, D.C., y en Madrid España.
4. Sedes
Además de sedes propias, tal es el caso de la Fundación Virtual Educa USA, y Virtual Educa Global (España), Virtual Educa está representada por aquellas instituciones con las que hay firmado un memorándum de entendimiento a tal respecto.
5. Redes
Virtual Educa cuenta con una red propia de asociados, coordinando además las siguientes redes temáticas: a) Red de Responsables de proyectos de innovación educativa con uso TIC [coordinadores de Ministerios de Educación]; b) Red Universidad 2030; c) Red de apoyo institucional y corporativo.
